با توجه به ويژگيهاي خاص نوجواني ، اين دوران با مشکلات خاص خود نيز مواجه است. برخي از اين مشکلات شيوع بيشتري داشته و گاه نيازمند مداخله کمتري هستند، اما برخي ديگر در حد يک ناسازگاري ، يک بيماري و يا اختلال رواني اجتماعي قابل توجه بوده و نيازمند اقدامات مداخله‌گرانه هستند. فراهم نبودن شرائط تربيتي مناسب ، عدم آشنائي اوليا و مربيان با نيازها و ويژگيهاي نوجوان و کودکي مشکل‌دار علل اساسي بوجود آمدن مشکلات دوران نوجواني هستند.
با توجه به اينکه اين دوره نيز اهميت شايان توجهي در زندگي آينده و بزرگسالي فرد دارد و بسياري از انتخابها و تصميمها در اين دوران انجام مي‌شوند، پيشگيري از بروز مشکلات و درمان آنها به توجه و تاکيد فراواني نياز دارد. شناخت اين مشکلات شايد بعد از شناخت ويژگيها و نيازهاي مرحله نوجواني اولين گام موثر در کمک به نوجوان براي داشتن يک مرحله رشدي سالم مي‌باشد.
مهمترين مشکلات نوجواني
افت تحصيلي
شايد بيش از همه مراحل ديگر در اين مرحله افت تحصيلي مشاهده گردد. مسئولين مدارس راهنمايي تحصيلي و والديني که فرزنداني در مقاطع راهنمايي دارند که با آغاز بلوغ و نوجواني و تغييرات آن همراه است، معمولا چنين افتي را گزارش مي‌کنند. هرچند شدت و ضعف افت تحصيلي در دانش آموزان مختلف متفاوت است، اما به هر حال و با توجه به فراواني آن در اين دوران نياز به توجه ويژه دارد.
انحرافات جنسي
با توجه به ويژگيهاي بلوغ جنسي در اين دوران مشکلاتي از اين قبيل مي‌تواند اتفاق بيافتد. در بين انواع انحرافات جنسي ، خودارضايي شيوع بيشتري به ويژه در بين پسران داد که با کاربرد روشهاي مناسب پيشگيرانه و رعايت آنها و استفاده از راهبردهاي لازم (بعد از ابتلا به انحراف) قابل حل خواهد بود.
دوستي با جنس مخالف
به دنبال غليان هيجانات و عواطف در اين دوران از يک طرف و تحولات جنسي از سوي ديگر گرايش به برقراري روابط دوستي با جنس مخالف شيوع فراواني مي‌يابد. ارائه شناخت و آگاهيهاي لازم به نوجوان در خصوص کنترل عواطف و هيجانات خود و جهت‌دهي سالم مفيد خواهد بود.
انحرافات اجتماعي
با اين که در بروز انحرافات اجتماعي عوامل مختلفي دخالت دارند، اما شرائط ويژه دوران نوجواني مثل تمايل به توجه طلبي و استقلال شخصي ، تمايل به عضويت در گروهها و ... باعث مي‌شود که دوره مستعدي براي راه اندازي اين انحرافات باشد. اين انحرافات به صورت فرار از خانه ، انواع بزهکاري مثل دزدي ، اعتياد و ... دييده مي‌شود که اکثر اين انحرافات در گروه اتفاق مي‌افتد.
اختلالات رواني در نوجواني
در نوجواني مساله بيماري رواني در آسيب شناسي نوجواني حائز اهميت زيادي است. مهمترين اختلالات رواني رايج عبارتند از:
1. واکنشهاي سازگاري
2. روان رنجوري ، شامل انواع اختلالات خلقي ، مثل افسردگي ، اضطراب
3. اختلالات روان _ فيزيولوژيک ، مثل بي‌اشتهايي رواني
4. اختلالات شخصيت ، مثل اختلال شخصيت هيستريک
5. اختلالات سايکوتيک که اسکيزوفرني عمومي‌ترين آنهاست.
از ميان اختلالات رواني انواع افسردگي و اضطراب فراواني بيشتري دارد. در صورتي که اطرافيان شناخت کافي از نوجوان داشته باشند و به موقع علائم او را تشخيص دهند، با انواع روان درماني قابل درمان خواهند بود.
خودکشي
معمولا پديده خودکشي با ساير مشکلات ديگر مثل افسردگي ، اعتياد و ... همراه است. در هر حال تمايل به خودکشي در اين دوران بايد مورد توجه قرار گيرد.
بلوغ زودرس و ديررس
عوامل مختلفي چون عوامل ارثي ، طرح و ساختمان بدني ، نوع تغذيه و سلامت جهاني ، مسائل فرهنگي از عواملي هستند که در بروز بلوغ زودرس و ديررس دخيل هستند. بلوغ چه به صورت زودرس اتفاق بيافتد و چه با تاخير همراه باشد، نگرانيها و مشکلاتي را براي نوجوان به همراه خواهد داشت. هرچند عواقب آن هم براي دختر و هم براي پسر وجود دارد، اما بلوغ زودرس اغلب براي دختران و بلوغ ديررس براي پسران مشکل آفرين‌تر است (تاثير بلوغ در رفتار نوجوانان).
شيوه‌هاي برخورد با مشکلات دوران نوجواني
آنچه بيش از همه حائز اهميت است، توجه والدين و مربيان به شناخت ويژگيها و نيازهاي مرحله نوجواني است. اين آشنائي و آگاهي از شيوه‌هاي برخورد با ويژگيهاي اين دوره ، در گام از بروز مشکلات خاص اين دوره جلوگيري خواهد کرد، يا حداقل شدت آن را تخفيف خواهد داد. در بروز مشکلات و مسائل آنچه مورد بررسي و درمان قرار مي‌گيرد، تنها نوجوان و مسائل او نخواهد بود.
هرچند اساس درمان را رفتارها و شرائط نوجوان تشکيل مي‌دهد، اما شيوه‌هاي درماني عمدتا به صورت گسترده‌تري معطوف به اطرافيان نوجوان ، خانواده و دوستان و در سطح وسيع‌تر و به صورت برنامه‌ريزي‌هاي کلان جامعه خواهد بود.
آشناسازي خانواده و ديگر دوستان و آشنايان در طرح ريزي برنامه‌اي براي برخورد با نوجوان براي حل مسائل خفيف‌تري چون ناسازگاريهاي سطحي در بافت خانواده ، پرخاشگري ، استقلال طلبي شديد ، نوجوئي شديد ، با توجه به شيوه‌هاي مناسب تربيتي کافي خواهد بود. در حالي که در مورد مشکلات خاص‌تري چون اختلالات رواني اين دوران مثل بي‌اشتهايي رواني که با تمايل شديد به کاهش وزن همراه است، از شيوه‌هاي اختصاصي‌تري چون روان درماني و ... استفاده مي‌شود. در رابطه با مسائل اجتماعي چون بزهکاري ، نهادهاي اجتماعي ديگري چون کانونهاي اصلاح و تربيت ، مدرسه و ... درگير هستند.